Für Ueno hatte ich mich entschieden, weil es einerseits einen eigenen Shinkansen-Bahnhof hat, mit dem man gut Richtung Norden (Nikko) kommt. Außerdem kommt man gut mit der U-Bahn nach Asakusa, und am "Hauptbahnhof" Tokio ist man mit der Yamanote-Linie auch nach drei oder vier Stationen. Von dort fahren die Shinkansen und andere Züge Richtung Süden. Mit der Yamanote-Linie kommt man auch nach Shinjuku, Harajuku und Shibuya. Und es gibt mit der Keisei-Linie von Ueno eine Direktverbindung zum Flughafen in Narita, wenn man nicht unbedingt die JR-Linie nehmen will oder muss.
Richtige Alternativen habe ich für mich nicht gesehen. Ich hatte mal rund um den "Hauptbahnhof" Tokio geschaut, dort aber eher teure Hotels gefunden, und eigentlich bringt einem der Standort weder touristisch mehr noch hat man deutliche Vorteile bei der Verkehrsanbindung. Der Bahnhof Ueno ist gegenüber dem Hauptbahnhof auch noch überschaubarer. Ich glaube, Paula hatte bei ihrer Reise in Asakusa gewohnt, das ist sicher auch reizvoll, aber ein wenig ab von den Hauptverkehrswegen, insbesondere der Yamanote-Linie.
Als zusätzlicher Standort, wenn man den Aufenthalt splitten will, käme z.B. Shibuya in Betracht.